吉林大学研究生院建于1984年6月，是经国务院批准的全国22所重点大学首批试办的研究生院之一。1996年3月，经原国家教委批准又成为首批正式建院的研究生院之一。
吉林大学一直把人才培养质量视为学位与研究生教育的生命线。为此，研究生院采取了一系列重要措施：严格审查报考资格；科学制定研究生培养方案；不断更新课程设置；严格学位授予标准；建立健全各项规章制度，严格管理；重视研究生德育教育，加强研究生的思想政治工作等。同时，研究生院还进行了学位与研究生教育方面的改革：优秀硕士生直接攻读博士学位；本--硕连读和硕--博连读等多种培养模式；为企业或行业培养应用型、复合型硕士研究生；招收法律硕士、工程硕士、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）、公共卫生硕士、会计硕士、汉语国际教育硕士、农业推广硕士专业学位研究生；临床医学、口腔医学兽医硕士及博士专业学位研究生；开展在职人员申请博士、硕士学位等。目前，吉林大学研究生院已经成为学科门类齐全、培养质量较高的我国重要的研究生培养基地。