北京交通大学是一所百年老校，学校的研究生教育开始于1954年，至今已有50多年的历史。1978年，我校恢复研究生招生，1981年成为全国首批博士、硕士学位授予单位。我校坚持全面贯彻党的教育方针，始终将学科建设作为学校建设和发展的龙头，使学校的学位与研究生教育达到了较高水平。目前我校已有8个博士后流动站、11个一级学科博士点、60个二级学科博士点(17个自设二级学科)、102个硕士点、MBA及工程硕士专业硕士学位授权。学科面覆盖了工学、管理学、经济学、理学、文学、法学、等8个学科门类和33个一级学科。
2004年5月24日，教育部正式批准我校成立研究生院，为我校学位与研究生教育的发展提供了新的契机。学校将以优势学科为基础，构建学科发展新格局完善学科建设立项制，以项目为载体、以学科带头人为核心，建设布局合理、特色鲜明、优势突出的学科体系，促进学科深度融合和优化发展，使一批重点学科尽快达到国际先进水平；学校将以培育学术大师为核心，提高导师队伍素质。学校将组建由若干学科相近或课题有密切联系的博士生导师、正副教授组成研究生导师组，采取既有分工、又有合作的方式联合指导研究生，强调导师群体对研究生培养过程中关键环节的把关作用。加快中青年骨干教师的成长，促进新兴、交叉学科的发展；学校将以培养创新能力为目标，全面提高研究生教育水平。提出了“研究生综合素质教育计划”，建立了“研究生创新活动中心”。举办研究生学术论坛、名师讲坛，组织“与大师面对面”等学术活动，营造创新氛围；建立博士生创新激励机制，通过设立优秀博士生教育创新基金、实行优秀博士论文候选人会诊制度、专项和客座研究员制度、优秀博士论文奖励制度，激励博士研究生做出创造性成果，使我校的研究生教育达到国内领先水平，并尽快接近和达到国际先进水平，提高我校研究生教育的整体实力，力争使我校纳入教育部在全国的“研究生教育创新中心”建设。
我校是全国较早开展MBA专业学位教育的26所高校之一，几年来，采取灵活的学制、具有特色的专业课程模块、注重英语教学、精选教材、严格培养环节等措施，努力打造MBA专业学位的品牌。 2000年底通过全国教学评估。近几年学校生源稳步增长。报考学校在职攻读工商管理硕士学位的人数以及录取分数都在同类院校中名列前茅。