厦门大学研究生院于1986年9月成立，经过十年试办，1996年3月由原国家教委批准正式建院。研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教育管理机构，现任研究生院院长为孙世刚副校长。
目前全校有14个博士学位授权一级学科，17个硕士学位授权一级学科，131个专业可以招收博士生，217个专业可以招收硕士生。学位授予专业分布在哲学、经济学、法学、教育学、文学 历史学、理学、工学、医学和管理学等10个学科门类。除培养学术型研究生外，我校有权授予工商管理、法律、公共管理和工程专业硕士学位，大力培养应用型、复合型的高层次专门人才，2006年10月全校在学研究生14000多人，其中博士生2000多人。
厦门大学拥有较好的办学条件，荟萃着众多的学者名流，师资力量雄厚，副教授以上职务1123人，两院院士17人。经过遴选和聘任，现有354人担任博士生指导教师（含兼职博导），881人担任硕士生指导教师。学科建设是发展研究生教育的基础。最近我校的政治经济学、财政学、金融学、统计学、高等教育学、国际法学、专门史、物理化学、分析化学、海洋化学、海洋生物学、动物学和会计学等13个学科专业被评为国家重点学科。此外，凝聚态物理和环境科学等65个学科被确定为省重点学科。
研究生院下设综合办、培养与管理办和学位与学科建设办，负责学位和研究生教育的规划和管理，全校学科建设方面的管理工作。